Ich finde die Möglichkeit eines Problems mit dem Schaltgestänge nicht ganz abwegig. Ich meine, es wäre ein recht simpler und vor allem günstig zu behebender Fehler, verglichen mit einem Austauschgetriebe.
Vor allem wenn der Fehler plötzlich und in allen Gängen gleichzeitig aufgetreten ist würde ich es mir zumindest mal ansehen - denn dass 4 Synchronringe gleichzeitig ihre Lebensdauererwartung überschritten haben ist doch recht unwahrscheinlich.
Wie viele Kilometer ist denn die Kupplung alt?
Wenn die Kupplung noch recht jung wäre würde ich mal einen Versuch wagen und die kostengünstigen Reparaturversuche durchführen:
Schaltgestänge checken (auf Spiel oder fehlende Klammern/Teile checken - mit
ETK abgleichen), Kupplung entlüften, Getriebeöl wechseln.
Für 30-40€ Materialkosten hast du dann alles getan - wenn es dann immer noch mucken macht sollte man wohl Kupplung oder das Getriebe selbst ins Visier nehmen.
Bei den E90 kommt es scheinbar hin und wieder mal zu Schaltgetriebeschäden, deshalb macht es, wie ich finde Sinn den Fehler weiter einzugrenzen um ein ggf. defektes Getriebe mit Sicherheit feststellen zu können.