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Zentraler Fensterheber defekt

Hallo zusammen, 
ich fahre einen BMW E36 318i Cario Bj. 1999. 
Seid dem Frühjahr habe ich folgende Probleme: 
Nachdem der Wagen den ganzen Winter im Carport stand, habe ich ihn im Frühjahr wieder fit machen wollen. 
Leider war die Batterie komplett leer, weshalb ich ihn erstmal überbrücken musste. Dann habe ich gestartet und alles war erstmal in Ordnung. Allerdings musste ich dann feststellen, dass im Innenraum die ganze Elektronik nicht mehr funktionierte (Licht, Fensterheber, Radio, Verdeck). 
Es war das Grundmodul defekt. Dieses habe ich dann ausgetauscht und alles ging wieder.

Bis auf eine bzw. zwei Sachen: 

• Wenn ich das Verdeck öffne, dann gehen die Fenster nicht von alleine runter. Zudem gehen die Fenster auch nicht runter, wenn ich den Zentralen Fensterheberschalter betätige (Jedes Fensterheber für sich funktioniert aber)
• des Weiteren fahren die Fenster (Fahrer- / und Beifahrerseite) auch nicht den Zentimeter hoch, wenn ich die Türe schließe.

Ich glaube das hängt alles irgendwie zusammen. 
Alle Sicherungen sind i.O. Auch der Zentrale Fensterheberschalter ist funktionsfähig (habe ich testen lassen). Der Microschalter ist auch ok. 
Was nun?! 

Ich hoffe ich konnte mein Problem verständlich darstellen. 

Über eure Hilfe würde ich mich sehr freuen.