selbst der b3 3.3 ist noch ein s52b32 ableger wie es auch der b3 3.2 ist. also ein us m3 motor,der mit versch. maßnahmen von alpina modifiziert worden ist, dessen block ähnlich oder fast identisch mit dem des m52b28 ist, den es ja auch im amiland in einer grauguss ausführung gab.
lange rede, kurzer sinn: der motor wird an dein getriebe passen. serienmäßig ist das 6 gang getriebe wie im m3 3.2 verbaut.
denke daran, dass der e46 can bus hat, und ich weiß nicht, inwiefern die ms41 im vergleich zum e36 verändert worden ist. müsste aber auch auf can bus umgestellt sein. von daher ist das das schwierigste. mechanisch ist das kein problem!