Die grauen/schwarzen müssen nicht weg bzw. können nicht weg, das ist die Karosserie ;).
Auf jeden Fall würde ich die nochmal mit Rostschutzfarbe behandeln, die bohrlöcher auch noch behandeln und das Ganze hohlraumversiegeln, erst dann die M3 Schweller montieren.
Wieviele Schrauben, Klipse und Halter du brauchst kann ich dir jetzt nicht sagen, weiß ich nicht.
Aber hier eine Einbauanleitung ->
E36 Schweller Einbau