Die einzige Erklärung für das "summende Geräusch", wie du es beschreibst, könnte vlt darauf hindeuten das etwas mit dem Öldruck nicht stimmt/ zu wenig Öl im System ist.
Kannst du evtl etwas mehr über das Geräusch erzählen? Ist es das selbe Geräusch welches auch kommt wenn du das Fahrzeug aufsperrst oder die Tür öffnest? (Hier springt die Hydropumpe an wenn der Systemdruck unter 45 Bar ist)
Beim SMG II gibt es zwei Aktoren einmal den Kupplungsaktuator (Betätigt die Kupplung) und den Schaltaktuator mit Gangerkennungsschalter(Führt die Schaltvorgänge aus).
Nummer 1 - Schaltaktuator
http://de.bmwfans.info/parts-catalog/E46-Coupe/Europe/M3-S54/L-N/feb2006/browse/manual_transmission/transmission_parts_smg/Nummer 8 - Kupplungsaktuator
http://de.bmwfans.info/parts-catalog/E46-Coupe/Europe/M3-S54/L-N/feb2006/browse/clutch/clutch_control_m_transmission/Wie gesagt auf Verdacht würde ich keine teuren Teile tauschen lassen.
Erstmal den Stand im Ausgleichsbehälter kontrollieren, das Relais der Hydropumpe tauschen (Kostet knappe 20,00 €
http://de.bmwfans.info/parts-catalog/E46-Coupe/Europe/M3-S54/L-N/feb2006/browse/vehicle_electrical_system/relay_for_hydraulic_pump_smg_k5360/) und mal ein Diagnosegerät dranhängen.
Hoffe ich konnte dir etwas weiterhelfen.